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全基因组Bisulfite甲基化测序

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全基因组Bisulfite甲基化测序

产品描述信息

     DNA甲基化是重要的表观遗传学标记信息。遗传序列的甲基化,作为DNA化学修饰的一种形式,能在不改变DNA序列的前提下,使甲基化的基因沉默化,进而使其失去功能,从而改变遗传表现,导致表型差异,产生组织结构和功能上的分化。获得全基因组范围内所有C位点的甲基化水平数据,对于表观遗传学的时空特异性研究具有重要意义。
     DNA甲基化的异常,也与疾病密切相关,如肿瘤(抑癌基因的沉默)、精神性疾病(Rett综合症)、X-染色体沉默、自身免疫疾病等。我们以新一代高通量测序平台为基础,结合全基因组Bisulfite处理和生物信息数据分析技术,在全基因组范围内找到甲基化位点,绘制单碱基分辨率的甲基化图谱,对于深入全面的研究胚胎发育、衰老等表观遗传差异,疾病机制研究和疾病相关甲基化标记位点的筛选具有重要的意义。

产品详细信息

         DNA发生甲基化的过程中会将甲基(-CH3)添加到DNA分子的胞嘧啶环的5’碳上,这种5’方向的DNA甲基化方式可见于所有脊椎动物。通过重亚硫酸盐对DNA序列进行处理,未发生甲基化的胞嘧啶碱基( Cytosine )会转化为尿嘧啶碱基(Uracil),而甲基化的胞嘧啶则不会改变。

        重亚硫酸盐测序(Bisulfate Sequencing)原理:通过重亚硫酸盐对DNA序列进行处理,未甲基化的胞嘧啶碱基( Cytosine )会转化为尿嘧啶碱基(Uracil),而甲基化的胞嘧啶则不会改变,通过测序并比较序列信息,则会精确定位甲基化位点信息。

1、检测精度高:单碱基分辨率,精确分析每一个C碱基的甲基化状态;

2、效率高,耗时少:借助新一代高通量测序平台,对全基因组5mC信息进行高效扫描,可以覆盖全基因组内所有的甲基化位点,前所未有的对甲基化位点进行最全面的检测,精准描绘出全基因组范围内单碱基单位的甲基化景观图;

3、性价比高:相对于传统PCR结合Sanger测序方法,费用少。

1、样品类型:基因组DNA

2、样品浓度:≥100 ng/µl

3、样品总量:≥10ug

4、样品纯度:OD260/280=1.8~2.0

5、样品完整性:基因组DNA无明显降解,主带清晰,无严重RNA污染,需提供凝胶电泳检测胶图。

6、注意事项:最终样品DNA质量以源泉宜科的检测结果为准;若DNA总量超过上机要求,可以进行样品备份;项目完成后,将不再保存剩余样品。

              昆虫甲基化图谱绘制 Nature Biotechnology. 2010. 28:516-520.

      该研究对两只家蚕(Bombyx mori)丝腺组织进行了研究,发现非CpG位点(CHGCHH)的假阳性率非常高。结合两个个体的mCs位点,构建了家蚕全基因组甲基化图谱。共发现173,505mC,其中99.2%发生在CG位点。基因区的绝对/相对甲基化率明显较高,而与smRNA互补的基因序列的甲基化程度也高于全基因组甲基化的平均水平。基因的表达水平与甲基化水平有显著正相关,但启动子区的甲基化水平则与基因表达水平无相关性。该研究为低甲基化物种的研究开创了一个新的格局,证实Bisulfite-Seq可用于此类物种的研究。

 

家蚕丝腺组织基因组不同功能区域的甲基化差异。(a) 不同功能区域的甲基化水平;(b, c) 编码基因分析;(d) 甲基化水平与GC含量的相互关系

[1] Lister R, O’ Malley RC, Tonti-Filippini J, Gregory BD, Berry CC, Millar AH, Ecker JR. Highly integrated single-base resolution maps of the epigenome in Arabidopsis[J]. Cell, 2008, 133:523-536.

[2] Xiang Hui, Jingde Zhu, et al. Single base-resolution methylome of the silkworm reveals a sparse epigenomic map. Nature Biotechnology. 2010. 28: 516-520.

[3] Ehsan Habibi, Arie B. Brinkman, Julia Arand, et al. Whole-Genome Bisulfite Sequencing of Two Distinct Interconvertible DNA Methylomes of Mouse Embryonic Stem Cells. Cell Stem Cell - 5 September 2013 (Vol. 13, Issue 3, pp. 360-369).

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